AGA治療薬の主な副作用として以下が報告されています。フィナステリド・デュタステリドでは勃起機能障害・射精量減少・リビドー低下・うつ症状・乳房腫脹・肝機能障害（まれ）が挙げられています。一部では服用中止後も症状が継続するPost-FinasterideSyndromeが報告されています。
ミノキシジル外用では接触性皮膚炎・頭皮のかゆみ・フケ増加・多毛症が報告されています。ミノキシジル内服では低血圧・動悸・体液貯留・多毛症が報告されています。
副作用の感じ方は個人差が大きく、多くの方では許容できる範囲とされていますが、気になる症状が出た場合は速やかに処方医に相談してください。