セットポイント理論とは、脳（視床下部）が体重の「基準値（セットポイント）」を設定し、体重がそこから乖離すると生理的メカニズムを通じて元の体重に戻ろうとする働きが生じるとする仮説です。食欲・代謝・ホルモン分泌などが連動してセットポイントに向かって調整されると考えられています。
リバウンドの生理学的説明の一つとして用いられます。レプチン（食欲抑制ホルモン）の低下やグレリン（食欲増進ホルモン）の増加が、体重減少後の食欲増大と代謝低下を引き起こすとされています。
GLP-1受容体作動薬は脳のセットポイントそのものを変化させる可能性が研究されています。長期的な生活習慣の改善が新しい低いセットポイントを定着させることに寄与する可能性があるとされており、薬剤と生活習慣改善の組み合わせが推奨される根拠の一つとされています。